Без заголовка

Тут уже не "методология", а просто ведение актуальной деятельности, "работа в мире". Что-то делаете, если не получается -- задумываетесь, почему. Проводите эксперименты. Интересуетесь, наблюдаются ли те же самые явления в деятельности других людей. "Практика" в смысле выполнения деятельности в реальном мире. Это некоторый цикл, который я процитирую по Harold Lawson: "у вас в голове какие-то концепты, идеи. Вы делаете согласно им какую-то инженерную работу, получаете какую-то инженерную конструкцию, которая как-то себя ведет в окружающем мире. Скорее всего, вам не понравится ее поведение, оно будет не соответствовать ожидаемому. Тогда вы переходите в научный режим, и пытаетесь по этому поведению представить те концепты и идеи, которым актуальное поведение соответствует. После коррекции концептов и идей вы опять переходите в инженерный режим, и корректируете конструкцию". Концепты и идеи -- это и есть онтология, "что есть в мире".