Грамматические значения ровно обратны: "systems engineering" можно с натяжкой передать как "инженерия систем" (ср. "systems audit" или "systems failure", наконец), а вот "system engineering" может означать равно и буквально "системную инженерию" ("системотехнику"). Как там buzzwords по школам расходятся, нужно смотреть.
С машиностроением аналогия непонятна, это, вроде бы, именно "построение машин", а не "построение-чего-угодно-в-виде-машины" (как в случае с системотехникой которая стала из построения особых объектов под названием системы построением чего угодно в виде системы).
Я пытался примерно это обсудить с Форкошем, но он настаивал на своей версии (а поскольку он не только говорит и по-русски и по-английски, но еще и один из авторов Руководства NASA по системной инженерии, а также активный член INCOSE, то я спорить с ним более пяти минут на эти грамматические темы не стал ;)
С Форкошем может и не надо длительно дискутировать (особенно по вопросам лингвистики русского языка), но русскоязычный тезаурус надо формировать, и лучше раньше, чем позже.
Системная Инженерия: деятельность (инженерия) по созданию объектов-систем. Здесь базовый термин "инженерия", а "систем" - уточняющий. Но уточняющий не в смысле "описывающий" (типа, "желтая", "квадратная", хорошая" инженерия), а в смысле "детализирующий" (не всего на свете инженерия, а конкретного класса объектов, а именно систем).
Механическая инженерия: часть науки инженерия, которая (часть) имеет дело с механическим поведением материалов и объектов.
Аналогия не очень точная.
С другой стороны, философия физики: physics philosophy. По-русски не говорят и не пишут "физическая философия". Здесь "философия" это деятельность (научная), а "физики" это детализирующее уточнение (какой деятельности философия? - физики).
Предлагаю в английском использовать притяжательную форму systems (а не множественное число!), а в русском: инженерия систем.
Сам лингвист только по образу мыслей, не пинайте.