Без заголовка
Вот-вот: приципы в "естественных системах" вполне "искусственны", и вы находите их в любых системах (как вами построенных, но функционирующих не как предполагалось, так и в естественных, функционирование которых вами не предполагалось). Т.е. "принципы" существенно зависят от вас, от того, что вы хотите делать с изучаемым объектом (если красить -- будете искать принципы "цвета", если строить -- принципы "устойчивости" и т.д.).
Я бы отметил, что "естественность-искуственность" тут весьма зыбки (что для одного известного мне экономиста было "естественным ходом событий в рыночной экономике" для меня было результатом огромной моей собственной организационной работы) и на этом остановился. Да, общественная система совсем не стремится к тому, чтобы ее "построили". Но и мост не стремится, чтобы его построили. Другое дело, что мост не сопротивляется собственному стоительству, а общественная система может активно сопротивляться -- но грамотный инженер просто будет это учитывать, если уж ему приспичило заниматься строительством общества (и грамотный инженер будет использовать при этом другую терминологию, для пущей определенности: "влиять на общество").
Так что не вижу никаких особых препятствий для грамотного использования аппарата системной инженерии и (обязательно!) системного мышления (systems thinking) для работы с системами из людей. Кстати, Голдратт именно системный подход и использует -- с неплохими результатами.