Без заголовка
Поясню.
Я тут вообще без никакой сатиры или сарказма. Этот вопрос сам очень интересен. Ведь это идеальные построение - атомы, молекулы. Я в журнале у себя щас пишу серию рассказов про основания математики. (http://matfuck.livejournal.com/tag/основания+математики) Тут связано, "математика" - это во многом "суть метафизики", а основания математики - метаматематика. Рано или поздно любые построения уходят в мистику. Давно уже наука не открывает божественных истин, давно уже научная модель мира воспринимается как лишь одно из возможных пониманий (как евклидова геометрия - это не геометрия реальности, а лишь одна из возможных).
А вы почему-то опасаетесь развернуть мысль про "нет молекул" во что-то более информативное.
(Меня тут строго судить нельзя, я не физик и не химик, рассказываю про структуру материи как могу)