Re: военная инженерия
Вопрос, который вы задаете, сугубо онтологический: "что мы считаем, что есть в мире?". Последний раз я наталкивался на обсуждение вопросов о холонах ("системы внутри систем внутри систем") как о свойстве Вселенной у Кена Уилбера. Я, конечно, считаю, что это свойство мышления -- но Кен Уилбер считает, что это свойство любого мышления, а не только нашего человеческого мышления.
Еще вопрос о том, что системный подход (и матрешки систем -- холоны, как их предложил называть Кестлер) противопоставляется как онтология религизоным онтологическим представлениям (в которых стек задается божественно, а не мыслительно) -- это обсуждалось на методологической школе в Светлогорске (http://community.livejournal.com/methodology_ru/150318.html).
Про введение в системную инженерию: у меня есть в Сети пару видео лекции вводного курса системной инженерии (вторая лекция -- http://ailev.livejournal.com/768996.html, а внутри постинга ссылка на первую лекцию).