Без заголовка
Напомню ваши же слова про сертификацию: "А вот взять меня 3 года наз. первокурсник. сдал сертификацию m$ тогда (самостоятельно), но сейчас я понимаю насколько это было злом для меня. МОЗГИ БЫЛИ ПРОМЫТЫ НАПРОЧ". Поэтому я бы отделил сертификацию от образования в области системной инженерии. Тут несколько возможностей:
а) зарубежные очные курсы (совсем необязательно сертификационные). Легко находятся Гуглем.
б) зарубежные университеты (например, Стивенсовский институт системной инженерии за 2 года обучения и $30тыс. дает магистра системной инженерии).
г) в изобилии лежащие в Сети книги по системной инженерии (много ссылок пробегало у меня в ЖЖ), открытые курсы типа http://ocw.mit.edu/OcwWeb/Engineering-Systems-Division/index.htm и прочее активное самообразование в сочетании с использованием полученных знаний в работе.
А в "сертификации" я не верю, они только для галочки в CV. Если очень хочется, то сюда: http://www.incose.org/educationcareers/certification/index.aspx (и на этой страничке все нужные ссылки по специализированному для этого образованию).