Без заголовка
Если кратко/телеграфно:
1) Глупо граф хранить как таблицы, и разные операции с графом (вплоть до транзитивных замыканий) отрабатывать в терминах табличных операций. Граф нужно хранить как граф (списково ;) и работать прямо в терминах графических примитивов. Впрочем, это тот же тренд, что приводит к постреляционным моделям, которые хотят и усидеть на двух стульях сразу ;) Но для работы с семантической сетью реляционного стула не нужно.
2) Нужно работать в оперативной памяти, это сразу два порядка в скорости. Большинство, кроме двух мне известных специальных, но крайне дорогих (я о них как-то писал в Компьютерре колонку) SQL-серверов работают преимущественно с диском. И еще у них очень странное кэширование, никак не приспособленное для графовых операций.
В итоге мы на базоданческой части Коммунивер.сервера хотим иметь 100-кратное ускорение.