Без заголовка
Я вообще не могу сравнивать софт и методологию. Вот есть молоток, камень, а есть способы заколачивания гвоздей одним ударом, множеством ударов, ударами по предварительно воткнутому другими способами гвоздю и т.д. Задавать вопрос "чем отличается zettelkasten от mediawiki" это как "чем отличается метод забивания гвоздей от типа молотка", нарушение типизации, как "чем отличается целое от имени функции". Даже не знаю, что отвечать.
Zettelkasten это способ записей, а записывать можно хоть на салфетках.