Без заголовка

Мало что понял в вашем тексте: "связей между понятиями" только в Gellish приводится порядка шестисот штук самых важных прямо "из коробки". Типов отношений-то ой-ой-ой сколько (хотя и поменьше, чем типов объектов). В системном подходе я явно говорю, что из этого набора важно: часть-целое, темпоральная целая часть, репрезентация, классификация, специализация (которая, например, позволяет различать физический неживой объект и функциональный физический объект). Это базовое, а дальше можно обсуждать. Минимальный пример, иллюстрирующий пользу системной инженерии, не существует. Есть много работ, показывающих, что польза системной инженерии растёт по мере роста сложности и объема проекта. Маленький проект -- мала польза, огромный проект -- огромная польза. Правда, в моделеориентированной системной инженерии это может быть и не так, но до нормальной моделеориентированной системной инженерии нужно ещё дожить (комментируемый пост я как раз об этом написал: о трудностях на пути к этой моделеориентированности).