«Вот тут у нас разница.»
У нас тут разницы нет :) поскольку само сопоставление (философской и инженерной онтологий) некорректно. Возможны лишь некоторые сопоставления с прикидками на будущее. Сегодня же не остается ничего более разумного, чем работать с вещами.
«Т.е. процессы и события мы задаём через описание связей друг с другом вещей-объектов, а у вас они первичны.»
Да, в темпоральной (философской!) онтологии исходным рассматривается универсум событий, а вещи "сплетаются" из их потоков. Такой подход осмыслен при анализе и сопоставлении действительностей разноуровневых субъектов и совершенно не годится (как вы правильно решили) при работе на жестко фиксированном инженерном уровне, на котором вещь берется как данность и постулируется ее инвариантность.
Если и говорить возможном приложении темпоральной онтологии, то в той области, где пространственные и временные границы "вещей" расплываются: деятельность, предприятие (которое следует рассматривать не как механизм, а как организм), отрасль экономики, возможно даже сложные технологические процессы с длительным циклом, ну и в области инженерного творчества (изначально концепт распределенной во времени сложности возник при решении проблемы появления новой сложности, творчества).
Еще бы я отметил, что, по моему мнению, некорректно/непродуктивно рассматривать процессы, и уж точно, действия, деятельности (то есть системы процессов) как отношения "вещей". Процессы, действия - следует рассматривать как объекты - распределенные во времени системы - а вещи как их элементы. Иначе возникают проблемы с причинно-следственным описанием.
На мой взгляд 4D онтология должна строится в двух плоскостях: (1) моментальный пространственный срез, в котором задаются отношения между вещами и (2) темпоральная плоскость, где устанавливаются отношения между такими объектами как процессы, действия, деятельности. Каждый хрональный срез (проекция) темпоральной плоскости должен давать текущую вещную онтологию, и наоборот, темпоральный анализ изменения вещной онтологии - темпоральное описание предметной области.