«4D онтология может быть использована для формулирования более компактных описаний изменений, чем 3D онтология. »
Может. Но это, на мой взгляд, не прибавит ничего существенного к научному описанию, пока это будут описания изменений 3D объектов. Принципиальным может быть лишь переход к выделению 4D объектов (к которым, скажем, можно отнести организм, действие, деятельность). И повторю, "ни одна из наук не подошла к этому" - объектом научного описания до сих пор является локализованный в пространстве (3D) объект, описываемый через смену состояний (подразумевается, что каждый момент времени объект дан полностью).
«если вы описываете смену насоса с серийным номером для позиции согласно чертежу...»
Это описание действия (в рамках деятельности) - наука если и занимается деятельностью, то лишь как методологией (набором операций с объектами), а не как самостоятельным объектом (4D).
«В этом смысле ... позволяет философскую логику считать наукой.»
Предпочитаю строго различать философию и науку - это разные способы познания.
P.S. Уже лет пять разрабатываю 4D философскую онтологию см.
Новации (распределенные во времени системы),
Темпоральность (вторая часть). Какие-то намеки делал вам в посте про темпоральный самолет :)).