Без заголовка
Есть разные причины иметь кривую онтологию:
-- плохие метафизические выборы -- типа 4D или 3D онтология.
-- плохие онтологические выборы на самом верхнем уровне таксономии -- типа обсуждаемых в http://www.jfsowa.com/ontology/psl_pn.htm.
-- несовместимость, дублирование, нестыкуемость выборов кучи онтологов, которых пустили "совместно редактировать" онтологию. Или, что то же самое, плохое качество онтологии, построенной автоматически по набору текстов, написанному профессионалами из какой-то тусовки. Ибо сколько людей, столько и онтологий -- и им вовек не верифицироваться, не валидизироваться, отладиться. Ибо "отладка онтологии" -- это еще придумать нужно, как. "ОК" для одного из соавторов часто будет "полным отстоем" для другого.
-- даже думать не хочу о других причинах (например, прямые ошибки -- описки, забытые места, сбои при наборе ID. Мы уже нашли в Gellish несколько таких ошибок).
Есть не один путь, а много разных способов сделать криво -- в рамках языка, или за его пределами.