Без заголовка

Очень правильные замечания! Я тоже много над этим думаю: совершенно непонятно, почему "работа над issue" так отличается от "работы над документом" (тем более, что issue может быть как раз по поводу документа!). Тут не обойтись без какой-то подлежащей теории, правильных метафор. У меня была мысль, что JIRA и Confluence много более связаны, чем оказывается. В любом случае, это выглядит как очень простое решение для начала работы (простое -- значит которое имеет шанс прижиться). Писать самому -- это проще повеситься. Легче найти что-то уже работающее и поддерживаемое. На "более гибкие системы" по вашему списку нужно еще смотреть: за универсальность, как известно, можно неожиданно много заплатить сложностью и невнедряемостью. И вам хорошо бы зарегистрироваться в ЖЖ: тогда ответы на ваши комменты будут приходить к вам по почте, а мы не будем путать разных других анонимов с вами.