Без заголовка

Да, все эти внешние влияния вполне себе рассматриваются в соответствующих теориях -- там начинается с того, что в клетке белок себя складывает совсем не так, как в пробирке. А аналогии с глубокими архитектурами, так они сейчас самые разные нащупываются, самый пик взаимоцитирования работ из разных областей. Начнём с того, что сначала нужно бы слово "архитектура" применить к сворачиванию белков и уж затем делать сравнения (уже архитектурные сравнения). Но пока вообще довольствуются тем, что "математика похожая", а рассуждения про энергии пытаются применить к нейронным сеткам. Дело же не в энергии, IMHO. Флогистон или энергия хорошая метафора, но лучше бы договориться об эволюции не как о поиске энергетического минимума. Хотя именно в этом и может оказаться самая существенная физика: какие-нибудь "эволюционные нейроморфные чипы, находящие свой энергетический минимум, но не сводящиеся к квантовым компьютерам". Фантазий сейчас в этом направлении хватает, математика срочно вспоминается и изучается не-физиками, со всеми возможными искажениями в моделировании и игнорированиями физичности в изначальном мышлении про белки и стёкла.