Без заголовка

Зависит от объёмов данных. Какие-то выгоднее сливать на лету, другие лучше сразу перегнать в единую базу для задачи. И не обязательно в квадстор. Таблицы в реляционках менее ресурсозатратны. Т.е. запрос к таблице Specializations может оказаться в разы быстрее чем поиск экземпляров part2:Specialization в графе, при тех же технологиях и железе.