Комментарий
Мне кажется это довольно тривиальная задача - если вы согласовано сохраняли знаки цитирования ">" - у вас должен остаться так называемый "хорошо-определенный документ". В этом случае организация такого документа - не сложнее чем получение структуры DOM из XML документа. Такие задачи решаются так называемыми "универсальными" парсерами, типа ХМЛ-парсеров. В итоге получается набор деревьев - это и есть вид организации таких документов.