Без заголовка
Вы не путайте простую рисовалку (yEd именно рисовалка графов общего вида), и моделер, который что-то понимает в том, что он отрисовывает. Вам, скорее всего, нужен другой инструмент (какая-нибудь навороченная интерактивная среда разработчика, именно что IDE -- IDE знает о том, что там редактируется).