Без заголовка
А почему вы сразу не предлагаете какой-нибудь drupal использовать, или alfresco, или вообще с уровня PHP всё написать? Известно же, что в программировании любую программу можно на любой платформе (и даже на любом языке, хоть на ассемблере) написать, а свои запросы инженеры и менеджеры пусть на SPARQL пишут, или на SQL -- разберутся, не маленькие...
Я несколько раз смотрел глазками, как люди пробуют в больших компаниях работать с Protege, даже и не с терминологиями. Ничего хорошего не увидел. Это как суп из топора: к этому топору нужно ещё добавить столько морковки, капусты, лука, картошки, мяса и т.д., чтобы получить какой-то удобоваримый продукт...