Каких только диаграмм казуальности сейчас нет! Но в оргстандартах их особо не находится. В тот же BMM попали просто отношения means -- ends, а в методах анализа так вообще SWOT (за что этот стандарт и критикуют сильно).
Ничего, мы это все напильником доработаем, ибо есть понимание, куда выкручивать (например, упомянутые в http://ailev.livejournal.com/567097.html и попытками сообразить нотацию в http://ailev.livejournal.com/584174.html
Может, где-то в коммерческих программах что-то приличное и есть, но мы пока не видели.
Мы для подобных вещей до сих пор пользуем Flying Logic (http://flyinglogic.com/), и куча народу через нас подсела на этот продукт -- хотя первые пару часов крышу сносит от этих полетов логики (нужно видеть!), но потом привыкаешь и понимаешь, чем лучше всех этих mindmaps. Единственная дрянь, рисующая направленные графы, которую мы смогли найти. Дальше только концепт-графы CmapTools.
Там под картинками мерамодель. Причём, очень нетривиальная, если реализовывать.
А так, наверное да, CmapTools. Хотя, хочется чего-то по удобству не хуже карандаша и бумаги