Без заголовка
> Но эти все алгоритмы вроде как с ассоциациями работают
ОтнюдьТМ, как раз большинство из них пытается именно направленность причинно-следственную восстановить. Книга по bnlearn по моему попадается в библиотеках сетевых (ну и по самим алгоритмам масса статей).
Пакет весьма работоспособный (ничуть не хуже любой классической прикладной библиотеки с численными методами), всячески рекомендую к использованию.