В Вышке "системная инженерия" понимается традиционно так, как понималась из программной инженерии: программно-аппаратные комплексы (то есть к программной инженерии добавляется системный софт и его администрирование, сервера и датацентры, линии связи и связное оборудование -- плюс "системная интеграция" в её айтишном понимании). Мне ребята из системноинженерной тусовки рассказывали, что когда они делали группу настоящей системной инженерии в лаборатории IBM, то страшно удивлялись, насколько их понимание системной инженерии ("железной", как во всём мире) различается с пониманием в IBM -- несмотря на то, что та же IBM в том числе и в CAB INCOSE состоит. Сейчас, правда, внимание к железячной инженерии в IBM выросло, в связи с попыткой маркетинга продуктов Telelogic в частности и Rational в целом (типа тех же DOORS, Jazz и т.д.).
И у всех "системных интеграторов" так же: программно-аппаратные комплексы плюс инженерия предприятий в части "процессов" по сопричастности.
Там есть ещё один интересный момент в вышке: embedded systems тоже помянуты, ибо это ж "программная инженерия" -- так что там не только корпоративные системы и сервера. По этой линии выходим на control systems engineering, традиционный пример с противопоставлением системной инженерии как engineering of systems (http://www.hitchins.net/profs-stuff/profs-blog/systems-engineering-vs.html).
Ещё часто у нас можно встретить "системный инжиниринг" -- там обычно инженерный менеджмент под этим скрывается, инженерии нет.
Пока изо всех серьезно на магистров настроен только УрФУ, у остальных либо не то, либо серьёзно только в коротком курсе или паре курсов.